ドメル（声：大塚明夫）の執拗な攻撃に疲弊していくヤマトのクルーたちのなかには、“ヤマト計画”の実現性に疑問を感じる者も出始めている。ガミラスの威力偵察をかわそうとヤマトはワープするが、ワープアウトした宙域にはガミラスの大艦隊がいた。智将ドメルの策略にまんまとはまったヤマトの運命は……。危機を脱したヤマトは、補給のために惑星ビーメラに立ち寄る。ビーメラは地球に似た環境を有する、人類移住に適した惑星だった。古代（小野大輔）たちが調査に向かう間に、ヤマト計画に疑問を持つ一派が反乱を起こす。一方、古代たちは、不時着した異星船を発見する……。古代はビーメラ星に残された遺跡から、イスカンダルの情報を持ち帰る。それは、滅亡した文明の残した亜空間ゲートを活用すれば、一気に数万光年の大跳躍が可能になるというものだった。ゲートを再起動させるため、古代と真田（大塚芳忠）、森雪（桑島法子）がシステム衛星に乗り込むが……。ヤマトは亜空間ゲートによってバラン星にたどり着く。そこには1万隻ものガミラスの大艦隊が集結していた。大マゼラン銀河に到達するためには、バラン星のゲートを通過しなければならない。沖田（菅生隆之）はガミラス艦隊を強行突破する策に出る……。