2027年、第四次非核大戦終戦から一年、戦禍の爪痕癒えぬニューポートシティで自走地雷を使った爆殺事件と、兵器売買の収賄容疑者である軍人が銃殺される事件が発生。雨に烟る中、公安の荒巻大輔(声：塾一久)はその軍人の電脳を求め墓地を暴く。だがその背中に冷たい銃口を向けたのは、殺された上官の容疑を晴らそうと動く陸軍義体化部隊501機関に所属する超ウィザード級ハッカーにして全身義体のサイボーグ、草薙素子(声：坂本真綾)だった。一方、“眠らない眼”を持つ男バトー(声：松田健一郎)は、草薙を爆殺事件の犯人と疑い、新浜県警の刑事トグサ(声：新垣樽助)は、銃殺事件と娼婦殺人事件の共通項を捜査していた。そして、501機関のクルツ中佐とサイボーグエージェントたちが草薙の動向を注視。彼らが追い求めるものは、目の前の「事実」と失われた「真実」とが交錯する電脳社会の混沌に身を潜めていた……。