1970年代の北アイルランド。幼いころに弟を失い、IRA（アイルランド共和軍）としての活動が日常である家族と暮らしてきたコレット・マクビー（アンドレア・ライズブロー）は、IRAに身を捧げていく。1993年ロンドンでの爆破未遂事件の容疑者として逮捕された彼女は、IRAと敵対するMI5（イギリス諜報局保安部）の捜査官マック（クライヴ・オーウェン）から、究極の選択を迫られる。それは、スパイとして家族を欺くか、幼い息子を残し拘留されるか、というものだった。コレットは息子との生活を選び、IRAの厳しい目に追い詰められながら、2つの組織の間で揺れ続ける。一方、MI5の情報源としてコレット以外にもスパイがいるのではないかと疑い始めたマックは、上司ケイト・フレッチャー（ジリアン・アンダーソン）が隠している“シャドー・ダンサー”の秘密に迫っていく。コレットは、IRA内のスパイへの追及に追い込まれていく。そして“シャドー・ダンサー”の秘密が暴かれると、マック、コレットと家族の運命も左右されることになる……。