1965年、アメリカのニューイングランド沖に浮かぶニューペンザンス島。12歳のスージー・ビショップ(カーラ・ヘイワード)は、厳格でお堅い父ウォルト(ビル・マーレイ)と、口うるさくいつもせわしない母ローラ(フランシス・マクドーマンド)、そして3人の幼い弟たちと海沿いの大きな屋敷で暮らしていた。趣味は本を読んで自分だけの世界に浸ることと双眼鏡での観察。ある日、スージーはその双眼鏡で母とシャープ警部(ブルース・ウィリス)の密会を目撃する。同じ頃、ウォード隊長(エドワード・ノートン)率いるボーイスカウトのキャンプ地では、隊員の一人が置き手紙を残して姿を消す事件が起きていた……。1年前、ボーイスカウトの活動で劇を観に行ったサム・シャカスキー(ジャレッド・ギルマン)と、カラス役で出演していたスージーはわずかな言葉を交わしただけで惹かれ合い文通を開始。1年にわたる手紙のやりとりを通して密かに駆け落ちの計画を練っていた。草原で落ち合った二人は“3.25海里 潮流口”を目指し愛の逃避行に出る。手つかずの自然が残ったその美しい入江を“ムーンライズ・キングダム”と名付けた二人は、海に飛び込み、絵を描き、本を読み、夢を語り合い、ダンスを踊り、初めてのキスをする。翌朝、二人がいなくなったことに気付いた大人たちは右往左往。娘を誘惑したとウォード隊長に食って掛かるビショップ夫妻だったが、ボーイスカウトの少年たちによって二人は見つかり、離ればなれにされてしまう。だがサムの両親は里親で「変わり者のサムはもう引き受けられない」と言い、福祉局(ティルダ・スウィントン)の説明によると、問題児のサムは少年収容所に戻される可能性が高いという。長年トレーラーハウスで孤独な生活を送ってきたシャープ警部は、身寄りのないサムを預かり、男同士で愛について語りあう。そしてスージーも自分の思いを初めて母親に打ち明ける。サムをのけ者にしていたボーイスカウトのメンバーたちも同情するようになり、ウォード隊長に内緒で二人の駆け落ちを手助けすることに。やがてスージーとサムは、小さなボートを漕いで島からの脱出を図るのだが……。