激しい爆音とともに米軍のヘリが沖縄国際大学へ墜落。事故現場を目撃した山城良太(長塚京三)は、52年前の石川市の空を思い出していた……。宮森小学校6年の良太は、同級生で仲良しの茂と豊、そして2年生の一平たちと一緒に遊び回っていた。そんな中、良太は同じクラスに転校してきた宮城広子にほのかな恋心を抱く。だが1959年6月30日、突然米軍のジェット戦闘機が、炎上しながら民家と小学校へ激突。子どもたちは悲鳴を上げながら逃げまどい、良太は広子を助けようとしたが既に息絶えていた。そして校庭には一平の変わり果てた姿があり、花壇のひまわりが風に揺れていた……。それから53年目の2012年。年老いた良太は妻を失い娘の家で暮らしている。孫の大学生、石嶺琉一(須賀健太)はゼミ仲間と共に、沖縄国際大学ヘリ墜落事件と宮森小ジェット戦闘機墜落事件のレポート活動を始めるが、頑なに事件の真相を語らない良太をはじめ、事件の傷跡は今も深く遺族の心を苦しめていることを知る。そんなある日、琉一たちは基地と平和を考えるピース・スカイコンサートを企画するが、恋人の城間加奈(能年玲奈)との不和など、コンサートを前に様々な問題が立ちはだかる……。