古都鎌倉。中学二年生に進級した始業式の日、関ケンジ(声：本城雄太郎)は、朝の海で、密かに好意を寄せていた生徒会書記・春河カホリ(声：花澤香菜)と初めて言葉を交わす。そんな彼を幼なじみでカホリの友人でもある涼浦ナツキ(声：渡辺麻友)は、複雑な思いで見守っていた。その後、ケンジは、高台で桜の花びら受けながらまるで風を操るように立っていた少年と遭遇。その少年に何か不思議なものを感じるケンジだったが、彼との再会は思ったより早く訪れる。ケンジたちのクラスにやってきた転校生・京極リョウイチ(声：小野大輔)、彼こそがその少年だった。ケンジ、ナツキ、カホリのいるクラスに現れた京極は、次第にクラスに溶け込んでいきながら、一方で何かクラスメートの持つ雰囲気と相容れないものを漂わせる。やがて京極に密かに惹かれ始めるカホリ。そんな中、学園では不思議な出来事が起こり始める。事件はケンジ、ナツキ、カホリだけではなく、生徒会の面々、担任の先生、ケンジの祖父である関耕児(声：内田直哉)、不登校を続けていた山際ゆりこ(声：戸松遥)たちをも巻き込んでいく。それぞれの心の想いが明らかになっていく中、ケンジとナツキの距離感も変化を見せ始める。果たして、京極は何者なのか。そして学園では何が起ころうとしているのか……。