ある朝、病院のベッドで目覚めたジョン(スコット・アドキンス)は、瀕死の重傷で9ヶ月間昏睡していたと聞かされる。記憶が混濁しているジョンであったが、家族が武装集団に襲われ、目の前で妻と娘が殺された痛ましい惨劇の光景だけは脳裏に焼きついて離れない。犯人グループのリーダーの顔もはっきりと覚えていたジョンは、FBI捜査官に見せられた写真からそれが元兵士のリュック・デュブロー(ジャン＝クロード・ヴァン・ダム)という男だと知り、復讐を誓う。退院したジョンにアイザックと名乗る男から電話が入る。彼は何かに怯え、助けを求めていた。ジョンはアイザックのアパートへ急行するが、すでにアイザックは何者かによって殺害され、彼のICレコーダーには“ユニバーサル・ソルジャー計画”、“培養期間が9ヶ月を切った”といった謎の言葉が残されていた。ジョンはアイザックの部屋にあったマッチを手がかりに“バイオレッツ”というストリップバーへと向かう。ダンサーのサラ(マライヤ・ボナー)から話を聞こうとするが、突如現れた凶暴な男マグナス(アンドレイ・アルロフスキー)が彼らを襲う。マグナスとの死闘の末、サラを連れて逃げたジョンは、彼の過去を知るサラによって事件の核心へ少しずつ近づいていく。やがて、森の中の一軒屋へたどり着いたジョンを待っていたのは、意外な人物であった……。ジョンは、リュック・デュブローが政府によって開発された特殊兵士ユニバーサル・ソルジャーだということを知る。軍のコントロールから脱したリュックは、培養によって生まれた新世代ソルジャーたちを次々と解放し、彼らのリーダーとなっていた。そしてかつてのリュックの宿敵スコット(ドルフ・ラングレン)も今では協力者となり、ユニバーサル・ソルジャーたちの反乱が始まろうとしていた……。