母を亡くした悲しみに沈むバスチアン（ジョナサン・ブランディス）は、読書が唯一の楽しみだった。ある日学校でいじめられたバスチアンは、コリアンダーの古本屋へ駆けつけ、あの“ネバーエンディング・ストーリー”を探した。そして家に戻リページをめくり始めたバスチアンは、再び物語の中の国ファンタジアの女王幼ごころの君（アレクサンドラ・ジョーンズ）の助けを呼ぶ声を聞く。そうしてファンタジアの国へ舞い戻った彼は、少年勇者アトレーユ（ケニー・モリソン）など懐しい仲間たちとの再会を喜んだ。だがこの美しいファンタジアの国は恐ろしい“空っぽ”の悪の力に襲われていた。“空っぽ”は手下のザイード（クラリッサ・バード）を使いこの国の侵略を着々と進め、その手は幼ごころの君の中にまで忍び込んでいたのだった。ファンタジアの危機を救うため、バスチアンとアトレーユの冒険の旅が始まった。まずジャイアント・クローン軍と戦って打ち負かした2人が出会ったのは、強敵である魔女ザイード。ファンタジア乗っ取りの邪魔をするバスチアンを亡きものにしようと、ザイードは非情な手口を使った。それは、バスチアンに願いごとをさせてそれを叶えるたびに彼の心の中の思い出を1つずつ消してしまうというものだった。この罠にはまったバスチアンの心からどんどん大切な思い出が消えてゆく。一方、敵と戦っていたアトレーユは負傷し今にも息絶えそうになっていた。アトレーユを救えるのはバスチアンしかいないが、その願いを叶えてしまうと彼の最後の思い出が消えてしまうのだ。その頃家では父親が物語にのめり込み、冒険している彼を必死で励ましていた。窮地に立たされたバスチアンだったが、彼はアトレーユを救うことを選んだ。そして最後の願いをかける時、ザイードに向かって“愛を”と叫ぶ。その言葉に目覚めたザイードの目から涙がこぼれた。すると“空っぽ”に支配されていた世界は美しさを取り戻し、幼ごころの君も助かった。務めを果たしたバスチアンは元の世界に戻り、今は心が1つになった父親と再び会えるのだった。