カラン大尉（マイケル・ビーン）率いる米海軍のエリート特殊部隊“ＳＥＡＬ”のデイル・ホーキンズ（チャーリー・シーシ）ら6人の隊員は中東でテロリストに拉致されたへリコプターのクルーを救出するが、エジプト人船員に変装したテロ集団の首領、シャヒード（ニコラス・カデ）を取り逃し、また殺人的破壊力を持つアメリカ製のスティンガー・ミサイルを残してきてしまう。シャヒードの手からミサイルを奪還するため、新たに情報の鍵を握るレバノン系女性ジャーナリスト、クレア（ジョアン・ウォーリー・キルマー）を加えたＳＥＡＬはテロリストの家族を誘拐する作戦に出るが、ホーキンズの命令無視によって隊員の1人グレアムが命を落とす。自責の念に駆られるホーキンズ。そして傷心のカランを慰めるのはクレアだった。翌日、ミサイルの隠し場所がわかり、ＳＥＡＬは戦下のベイルートへと向かう。銃弾の飛び交う中、隊員のデインが死に、そしてカランまでもが負傷する。カランを抱えてホーキンズらは救助艇の待つ海岸へと急ぐが、既に定められた救出時刻は過ぎ、彼らを待つ潜水艦の姿はなかった。取り残されたＳＥＡＬ部隊はシャヒードのボートに追い詰められるが、なんとか撃退。その時、救助の潜水艦も現われるのだった。