現代のアメリカ。白昼のゴルフ場に1人のブラック・ニンジャ（デイヴィッド・チャン）が現われ、プレーヤーを暗殺。さらに追ってくるパトカー、白バイ、ヘリコプターを次々と叩き壊すが、包囲した警官隊に数十発の銃弾を浴び力つきた。が、その死体は土とんの術によって忽然と消えた。その近くで電話工事をしていたのがクリスティ（ルシンダ・ディッキー）。彼女は蜂の巣となったニンジャを発見、瀕死の彼から日本刀を託された。その夜、恐怖の心霊現象が彼女を襲った。魅入られるように怪光を放つ日本刀を持つ彼女の表情にはみるみる妖気が漂った――。その頃、日本から1人の男が空港に降り立った。彼の名はヤマダ（ショー・コスギ）。かつて父を殺し、自分の片目を奪った宿敵ブラック・ニンジャがアメリカに現われたとの報を受け、復讐のためにやって来た正義のホワイト・ニンジャである。一方、町では残忍な警官連続殺人事件が勃発していた。クリスティにとりついたブラック・ニンジャの悪霊が、自分を殺した警官達を血まつりにあげていたのだ。ただし、クリスティ本人は何も知らない。殺された警官の葬儀が行なわれている墓地にブラック・ニンジャが現われた。参列していたヤマダは、クリスティにブラック・ニンジャがとりついたことを知った。ヤマダはクリスティの恋人で警官のビリー（ジョーダン・ベネット）に真相を打ちあけ、彼女を岩山の古寺に連れてくるように頼んだ。数時間後、古寺では、ヤマダが警察から盗んできたブラック・ニンジャの死体を前に、ニンジャ姿のクリスティとヤマダの闘いが繰り広げられた。ヤマダが彼女に止どめをさそうとした時、悪霊が彼女から抜けて、ブラック・ニンジャの死体に移る。ついに悪が死から甦ったのだ。ホワイト・ニンジャとブラック・ニンジャの凄絶の死闘。やがて、ヤマダは短剣をブラック・ニンジャの脳天につき刺した。