アメリカ杉の森に、球形の宇宙船が着地し、なかから小さな宇宙人が数人出てきた。彼らは地球の植物を観察し、サンプルを採集する。1人だけ宇宙船から遠く離れた宇宙人が、崖の上から光の海を見て驚く。それは郊外の住宅地の灯だった。突然、物音がした。宇宙船の着陸を知った人間たちが、宇宙船に向かってきたのだ。宇宙船は危険を察知して離陸する。先ほどの宇宙人1人は、地上にとり残された。その頃、住宅地の1軒では、少年たちがカード遊びをしていた。10歳のエリオット（ヘンリー・卜ーマス）は、小さいという理由から、兄マイケル（ロバート・マクノートン）らの仲間にいれてもらえず、くさっていた。ピッツアの出前を受け取りに外へ出たエリオットは、物置小屋で音がしたことに気付いて、みんなを呼びよせた。しかし、中には誰もいなかった。深夜、エリオットはトウモロコシ畑で、宇宙人を目撃。翌日、夕食をたべながら、エリオットは宇宙人を見たことを話すが、誰も信じない。「パパなら…」というエリオットの言葉に、母のメリー（ディー・ウォーレス）は動揺する。パパは愛人とメキシコに行っているのだ。その夜もふけ、エリオットがポーチで見張っていると、宇宙人が彼の前に姿を現わす。エリオットは宇宙人を部屋に隠した。翌日、エリオットは仮病をつかって学校を休み、宇宙人とのコミニュケーションを試みた。そして帰宅した兄、妹ガーティ（ドリュー・バリモア）に紹介する。宇宙人は太陽系を遠く離れた星からやって来たことを、超能力でボールを宙に浮上させて説明した。次の朝、エリオットにマイケルの友達が、「怪物がいたか」と尋ね、宇宙人だと聞かされると、「ではエキストラ・テレストリアルだな」という。こうして宇宙人は以後、エキストラ・テレストリアルを略してＥ・Ｔを呼ぱれることになる。学校で授業をうけるエリオットと家にいるＥ・Ｔとの間に心が通いあい、Ｅ・Ｔが冷蔵庫からビールを取り出して飲むと、学校のエリオットも酔っぱらう。Ｅ・ＴがＴＶで「静かなる男」を見て、ジョン・ウェインとモーリン・オハラのキスシーンに見とれていると、学校でエリオットがかわいい女の子にキスをする。Ｅ・ＴはＴＶの「セサミストリート」を見ながら、英語を覚え、家に電話したいといい出す。Ｅ・Ｔはノコギリや傘を使って通信器を作る。ハロウィーンの夜、子供たちはＥ・Ｔに白い布をかぶせて森に連れ出し、Ｅ・Ｔは故郷の星に連絡をとる。翌朝、Ｅ・Ｔは瀕死の状態となり、エリオットが彼を家に運ぶ。Ｅ・Ｔを始めて見て、驚くメリー。突然、宇宙服を着た科学者たちが家にやって来た。ＮＡＳＡの科学者キース（ピーター・コヨーテ）がエリオットに「私も10歳の時からＥ・Ｔを待っていた」と話しかける。Ｅ・Ｔは死亡し、最後のお別れをエリオットがしていると、Ｅ・Ｔの胸が赤くなる。彼は死んでいなかったのだ。エリオットは兄妹、兄の友人グレッグ、スティーブ、タイラーの協力を得て、Ｅ・Ｔを森に運ぶ。後を必死に追う科学者の一団。森の空地に着地した宇宙船に乗り込むＥ・Ｔ。宇宙船が消えたあと、空に美しい虹がかかった。