1988年、ワシントン州ウィンド川に、花束のようにビニールで包まれた少女テレサ・バンクス（パメラ・ギドリー）の死体が流れてきた。FBIのゴードン地方捜査主任（デイヴィッド・リンチ）は捜査官のデズモンド（クリス・アイザック）とスタンリー（キーファー・サザーランド）を送り込む。デズモンドは彼女が住んでいたトレーラーを訪ね、そこで奇妙な_盛り土_を見つけるが、手を伸ばしたとたん、彼は消えてしまう。一方フィラデルフィアのゴードンのオフィスでは、彼とデイル・クーパー特別捜査官（カイル・マクラクラン）の前に行方不明になっていた捜査官ジェフリーズ（デイヴィッド・ボウイ）が突然現れた。そして事件の背後には大きな悪の存在があることを暗示して消えてゆく。1年後、ツイン・ピークス。ハイスクール・クイーンであるローラ・パーマー（シェリル・リー）は一見明るい生活の裏で、何かに脅え、ドラッグとセックスに逃避していた。彼女は生活の秘密を書いた日記が破られていることに気づき動転する。「犯人はボブ、ボブは本当にいる。12歳の時から私をおもちゃにしている」。彼女はトレモンド夫人と孫息子から1枚の絵を受け取った時、「彼は開かれた日記を探していて、今、扇風機の下を動いている」という孫息子の言葉に不安にかられ、家に戻ると、日記を求めてドレッサーを動かしていたボブと目が合い叫び声をあげて家から飛び出す。だが、続いて家から出てきたのは父、リーランド（レイ・ワイズ）であった。次の日、ローラはロードハウスで仲間と会い、怪しげなクラブに出かける。彼女を心配して親友のドナ（モイラ・ケリー）もやって来るが、ドナもドラッグに酔ってしまい、逆にローラが必死で彼女を助ける。翌朝の2人の姿に、リーランドが不気味な視線を注いでいた。ローラと彼女のドラッグ仲間ロネット（フィービー・オーガスティン）は、テレサとも仲間であり、テレサを殺したのはリーランドであった。いよいよその時が近づいてきた。2日前の夜。ボビー（ダナ・アシュブルック）とローラはコカイン入手のために森の約束の場所にやって来た。だがボビーは取り引き相手のクリフと揉み合って撃ち殺してしまう。ローラは高笑いを上げる。前夜。ローラのベッドにボブがやって来てのしかかる。だがその顔はやがてリーランドになり、ローラは気を失う。最期の夜。ローラは恋人ジェームズ（ジェームズ・マーシャル）に呼び出されるが、既にローラの心は何かに奪われてしまっている。彼女はジェームズを振り切って森へ走り出し、ジャック、レオ（エリック・ダレー）、ロネットのいるキャビンに向かう。目を履うばかりの乱交が繰り広げられるが、そこへリーランド＝ボブがやって来て、ローラを殺し、他の3人に重傷を負わせ、ローラの死体をビニールにくるんで川に流す。2カ月後。赤い部屋。ローラはクーパーの膝の上に腰かけている。