ブードゥ教を操る殺人鬼チャールズ・リー・レイの魂が宿った小さなグッドガイ人形、チャッキーに襲われるというあの恐ろしい事件の後、母親が精神科に強制入院させられてしまったため、幼児保護センターに入れられていた少年アンディ（アレックス・ヴィンセント）は子供のいないフィル（ジェリット・グラハム）とジョアンヌ（ジェニー・アガター）のシンプソン夫妻に預けられることになる。しかし、あの時燃えつきたはずのチャッキーはおもちゃ工場で復元されていて、再びアンディのもとへとやってくる。その目的は呪文を使って今度は人形からアンディの体へと乗り移ること。まず手始めにシンプソン家にあった同じグッドガイ人形になりすまして、アンディの部屋に入っていざ呪文をかけようとする時、アンディと同じようにこの家に引き取られていた若い女性、カイル（クリスティン・エリーゼ）によって、アンディは間一髪助かった。しかしチャッキーの仕掛ける恐しいいたずらが次々と彼を襲う。家中のものを壊した上、学校では担任のケトルウェルが殺された。気味悪い出来事の連続にアンディを保護センターに返そうと言うフィルに対し、ジョアンヌは彼をかばうが、それでもついにフィルがチャッキーによって殺されると、アンディに出てゆくよう告げる。カイルを襲ってアンディの行方をつきとめたチャッキーは保護センターから彼を連れ出すと、おもちゃ工場の中でついにアンディにブードゥの呪文をかけた。しかし人形の中に長くいすぎた結果チャールズ・リー・レイの呪術の効き目は薄れており、そこに駆けつけたカイルはチャッキーからアンディを無事救い出すのだった。