1865年、南北戦争の終結直後、リンカーン大統領が南軍の残党に暗殺される。有名な俳優だった主犯のジョン・ウィルクス・ブースは逃亡中に射殺され、8人の共犯者が次々と逮捕される。その中にメアリー・サラット（ロビン・ライト）という女性がいたことが、世間を驚かせる。サラットは南部出身で、夫を亡くした後、2人の子供を育てるために下宿屋を営んでいた。元司法長官のジョンソン上院議員（トム・ウィルキンソン）から彼女の弁護を頼まれたフレデリック・エイキン（ジェームズ・マカヴォイ）は英雄と称えられた元北軍大尉で、大多数の北部の人々と同じく犯人に怒りと憎しみを抱いていた。しかし、彼女には弁護を受ける権利があると主張するジョンソン議員に強引に押し切られる。被告たちは民間人でありながら、陸軍省が仕切る軍法会議にかけられ、スタントン陸軍長官（ケヴィン・クライン）は判事に配下の北軍将校9人を選ぶ。裁判長はリンカーンの棺を担いだ男、検事はスタントンが最も信頼するホルト総監（ダニー・ヒューストン）が務める。スタントンは国家再建のために、暗殺に関わった全員を容赦なく裁くつもりだった。サラットの容疑は、犯人グループにアジトとして下宿屋を提供したことだった。しかし第1回の公判で、毅然と無実を主張する。世間のサラットに対する怒りの声が高まり、フレデリックの2人の親友と恋人サラは、弁護を断るよう彼を説得する。しかし審理が進むにつれ検察側の強引な手法が目立ち、フレデリックは弁護士として憤りを感じ始める。そして、サラットが大きな秘密を隠しており、その秘密のためなら自分の命も惜しまないことに気づく。フレデリックはサラットの無実を信じ、政府にある真実を突きつける。