旧ソビエトの社会体制崩壊後、独立を勝ち取って主権国家を宣言した東スラブ共和国。しかしそれによって、同国ではオリガルヒと呼ばれる富裕層の政府側、反政府勢力として立ち上がった貧困層の民衆側で激しい衝突が繰り返されていた。だが両者の徹底抗戦が過激化していく中、戦場でモンスターを見たという奇妙な噂が流れ始める。これを受け、アメリカ合衆国・ホワイトハウスは、エージェントのレオン・S・ケネディ(声：マシュー・マーサー)を派遣。しかし、レオンが現地に赴いたその時には、合衆国政府は東スラブ共和国から手を引き、アメリカ人はすべて国外退去を命じられていた。レオンもまた任務の中止を告げられるが、彼はこの内戦でB.O.W.(有機生命体兵器)が使用されていることを確信する。多くの先進国や国連がその使用と製造に反対していながら、すでに世界中のブラックマーケットでB.O.W.は取引されている。ここで食い止めない限り、世界中で同じことが起こると判断したレオンは、合衆国政府のサポートもない中、ひとりで行動を開始。だがCIAとの待ち合わせ場所に出向いたレオンの前に、ゾンビ化した怪物・リッカーが現れた。攻撃をかわして銃を向けるレオンだったが、力尽きて気を失ってしまう。目覚めると、レオンは椅子に縛られ、目の前には反政府勢力のメンバーであるバディ(声：デイヴ・ウィッテンバーグ)とJD(声：ヴァル・タッソー)、彼らが警護する長老会議の長・アタマン(声：ロビン・サックス)がいた。そんな絶体絶命の状況の中、政府軍の攻撃が開始される……。