2013年。ロンドン、モスクワ、ベルリン、ニューヨーク……。世界の大都市で、超高層ビルが次々と崩壊するという同時多発爆破事件が発生。犯人不明のこの無差別テロは、世界を不安とパニックへと陥れていた……。一方、かつて、世界が危機に陥るたびに人々を救った9人のゼロゼロナンバーサイボーグのリーダー的存在、009こと島村ジョー(声：宮野真守)は、過去の記憶を消し、東京・六本木でひとり暮らしていた。日本出身のサイボーグ戦士であるジョーは、生みの親・ギルモア博士によってこの30年の間、3年に一度、記憶をリセットされ、高校の3年間を繰り返していたのだ。そんな中、その役目を終え、各々の故国へと帰っていたゼロゼロナンバーサイボーグたちは、ギルモア博士の呼びかけによって、再び集結しようとしていた。001ことイワン・ウイスキー(声：玉川砂記子)、002ことジェット・リンク(声：小野大輔)、003ことフランソワーズ・アルヌール(声：斎藤千和)、004ことアルベルト・ハインリヒ(声：大川透)、005ことジェロニモ・ジュニア(声： 丹沢晃之)、006こと張々湖(声：増岡太郎)、007ことグレート・ブリテン(声：吉野裕行)、008ことピュンマ(声：杉山紀彰)、そして009、ジョーの記憶が呼び覚まされた時、ゼロゼロナンバーサイボーグの新たな戦いが始まる……。