スペイン、バルセロナ。民間軍事企業の経営者ケネス（ユアン・マクレガー）は、米国政府の実力者コブレンツ（マイケル・ダグラス）とスペイン政府関係者のロドリゴ（アントニオ・バンデラス）から、凄腕の女性スパイ、マロリーを指名した人質救出作戦の依頼を受ける。ケネスからの連絡でバルセロナに乗り込んだマロリーは、アーロン（チャニング・テイタム）を含む3人の工作員と合流。監禁されていたジャーナリストのジャンを無事に救出し、身柄をロドリゴに引き渡す。サンディエゴの自宅に戻ったマロリーの前に、再びケネスが現れ、英国諜報機関MI-6から請け負った新たな任務を指示。2人の間には、かつて恋人同士だった過去があった。ダブリンでの新たな任務は、同業者のポール（マイケル・ファスベンダー）と新婚夫婦になりすまし、スチューダー（マチュー・カソヴィッツ）というフランス人男性に接触するというもの。だが、この任務に不信を抱いたマロリーが周辺を探索すると、バルセロナで救出したジャンの死体を発見。しかも、その手には彼女が身に着けていたブローチが握られていた。さらに、ホテルに戻った彼女を、突如ポールが襲撃してくる。何とかポールを倒したマロリーが彼の携帯を確認すると、そこにはケネスからの着信履歴が……。ダブリンからニューヨークに渡った彼女は、ケネスから事情を聞き出そうとして訪れたダイナーでアーロンと格闘になり、居合わせたスコットの車で逃走。途中、武装集団の襲撃を振り切ったマロリーは、自分が話したことを警察に伝えるようスコットに告げ、姿を消す。焦ったケネスは、マロリーが現れることを予想して、ニューメキシコに暮らす彼女の父親ジョン・ケイン（ビル・パクストン）の自宅を訪れる。一方、マロリーもケネスとの直接対決を決意していた。なぜ彼は自分を陥れたのか？すべての決着をつける最後の戦いが始まろうとしていた……。