楠野孝雄（Takuya）は、ダンサーを夢見る若者。WEBサイトで“あなたの大切な人を5人選んで下さい”という質問に答えたところ、彼の悪夢が始まった。ピエロ（John-Hoon）と名乗る男が“大切な人間を守りたければ、ブレスレットを着けて指示された場所へ走れ”と脅迫してきたのだ。その脅迫が本物だと知った孝雄は、愛する人々を守るために走り始める。それは、“RUN60”という命を賭けたゲームだった。同じ頃、警視庁の中塚（柄本佑）は、孝雄のように“RUN60”に強制参加させられた裕（桐山漣）とレイ（小林涼子）が、議員殺害事件の犯人として追われた事件を捜査していた。この事件の裏に何者かの存在を感じた中塚は、天才科学者の桑田（木村了）、上司の森沢（嶋田久作）とともに捜査を開始。一方、オンライン上に“RUN60”というゲームを作ったピエロは、孝雄の走る様子を公開して楽しんでいた。やがて、ピエロは孝雄に非情な提案を告げる。それは、“恋人か母親かどちらか助ける方を選択しろ”というものだった……。無数に存在する監視カメラや携帯カメラの映像から無限に追跡し、腕にはめた爆弾ブレスレットで目標を意のままに走らせる“マウスシステム”。一体誰が何のために作ったのか。犯人の魔の手は中塚の恋人や森沢の娘にも迫る。自ら爆弾ブレスレットを腕に装着し、夜の街を走ることになった中塚は、徐々に敵を追い詰めてゆく。やがて、全ての謎が解けた時、驚愕の真実が明らかになる……。