1941年、クリスマスを迎えた上海。英国租界の邸宅に両親と暮らすジム少年（クリスチャン・ベール）は、学校の勉強よりも空を飛ぶことに心を奪われていた。上海にも侵略しつつあった日本軍の「零戦」のパイロットになることが夢だった。両親とともに出かけた仮装パーティもジムには退屈で、お気に入りの零戦の模型飛行機を片手にパーティ会場から抜け出し、野原へと出た。そこには撃ち落とされた日本軍の戦闘機が無残な姿をさらしていた。ジムはコックピットに入り、いつしか自分が大空を飛ぶ姿を思い描く。迫ってくる戦争を前に、ジム一家も上海から脱出する準備を始めたが、時すでに遅く、日本軍が怒濤の如く市街に進攻してきた。砲弾、銃声の飛び交う中、両親と離ればなれになってしまったジムは1人で生きていかなければならないことを、身をもって悟る。飢えに苦しんでいるところを救ったのは、ベイシー（ジョン・マルコヴィッチ）とフランク（ジョー・パントリアーノ）の2人のアメリカ人であった。ある夜、2人を邸宅に連れてきたところを日本軍に襲われ、ジムら3人は捕虜収容所へと送られる。収容所では両親の友人であるヴィクター夫人（ミランダ・リチャードソン）と出会うが、彼女自身ももはや自分が生き残るためだけに必死だった。やがて、ジムら捕虜たちは蘇州の収容所へと移されていく。そこで知り台ったローリング医師（ナイジェル・へイヴァース）から、どんなことがあっても最後まで生き延びろと教えられるのであった。ジムは精神的にも肉体的にも大きく成長していき、捕虜のボス格となったベイシーの使い走りとして収容所内を忙しく立ち回る。日本軍側のナガタ軍曹（伊武雅刀）にも近づき、少しでも多くの食料を受けようとする。自分と同じように空を飛ぶことに憧れる日本人少年（片岡孝太郎）とも心を通わせるようになった。そんなある日、米空軍ムスタングが収容所を急襲し、戦争は終結へと向かう。ジムは脱走するベイシーに見捨てられ、他の人々とともに南島（ナンタオ）まで移動。その途中、ヴィクター夫人が息をひきとる。一瞬、東の上空に美しい閃光が走った。それは長崎に落とされた原爆の光だった。戦争は終わった。そしてジムは日本人少年と再会し言葉を初めて交わすのだが、ベイシーの仲間によって日本人少年は撃ち殺されてしまう。泣き叫び憤りをぶちまけるジム。彼は、いつしか大人への扉を開けていた。やがてジムは戦災孤児の集まる施設で両親と数年ぶりの再会をするが、彼は両親の顔も何も覚えていないほどであった。少年の日々とは確実に違う、新たな生活が始まろうとしていた。