長らく理科室に立ち続けているため天才的な科学知識が身についてしまった人体模型のキュンストレーキ(声：山寺宏一)は、いたずらばかりする子どもたちが大嫌い。ある学校開放日、両親に連れられてやってきた、怖いもの知らずのマコ(声：戸松遥)、おしゃまなミーコ(声：雨蘭咲木子)、不思議ちゃんのムツコ(声：寿美菜子)の3人組に、キュンストレーキは好き勝手に飾り立てられてしまう。日中身動き取れずにいたキュンストレーキは、そのいたずらに怒りが爆発。仕返しをするため3人を真夜中の学校に招待する。相棒で心配性の骨格標本ゴス(声：田口浩正)らとともに、3人を待ち受けるキュンストレーキだったが……。