田舎町スモールタウンで人間のゲイリー(ジェイソン・シーゲル)と仲良くなったマペットのウォルターは、マペット・ショーの熱狂的なファン。結婚間近のゲイリーとメアリー(エイミー・アダムス)のLA旅行に誘われて、大興奮でマペット・スタジオを訪れる。だが、かつてのマペット・ショーの殿堂は今や訪れる者もなく廃墟のように寂れ。そこには恐るべき石油王の邪悪な陰謀が渦巻いていた。ウォルターたちは、引退して静かに暮らす“ザ・マペッツ”のカリスマ、カエルのカーミットを探し出し、マペット・ショーの殿堂の現状を訴える。ウォルターの熱い思いはカーミットの心を動かし、彼は陰謀を阻止すべく“ザ・マペッツ”再結成を決意。そして世界中に散らばった仲間たちを集める旅が始まった。トイレ産業をリードする企業の社長となったゴンゾ、「ヴォーグ」誌のカリスマ編集者としてパリに暮らすミス・ピギー……。やがて、様々な障害を乗り越えて、とうとうカーミットを中心にメンバーが集結を果たす。ゲイリーとメアリーの協力のもと、彼らの存在を忘れかけたショービジネス界に戦いを挑み、ついに華麗なるショーがスタート。だが、ショーを阻む魔の手はすぐそこに迫っていた。果たして“ザ・マペッツ”史上最大のショーの行方は……？