1943年。英国の海岸に5人の海軍士官が海から這い上がって来た。彼らはドイツの不沈戦艦リンデンドルフと戦い撃沈された英国の潜水艦のボルトン少佐（ジェームズ・カーン）以下、ペニグトン、バーキスト、クェンティン、デイビーズの5人だった。デイビーズは、乗組員50人を失った責任はボルトンにあるとせめた。がボルトンは無罪となり、新たに3隻の新型潜水艦のための訓練を指導するようレッドメインに命じられた。スコットランドの北洋にカムフラージュされてある基地に着いたボルトンは、生き残りの仲間を集め、それに新しいメンバーを加え、訓練を始めた。ボルトンの訓練は厳しく、訓練中にクェンティンが溺れそうになり、危うくボルトンに助けられたが、この事件で部下たちはボルトンに敵意をいだくようになった。大量の爆薬を積むことができ、どんな戦艦でも爆発できるという、Ｘー1、Ｘー2、Ｘー3の3隻の小型潜水艦の生活に堪えることと、防潜網を切断することが、訓練の大部分だった。偵察機が出現したことにより訓練の短縮が命ぜられ、訓練は一段と強化された。そんなある日、ドイツ軍のパラシュート兵が6人降下して来て、そのうちの1人にＸ潜水艦を見つけられたが、全員を殺すことができ、秘密は保たれた。しかしこの事件によって予定はもっと繰り上げられることになった。レッドメインは、この時になって初めて目標をボルトンに教えた。目標はあのリンデンドルフだった。潜水艦はリンデンドルフが停泊中の入江へ出撃、目標に接近したが、Ｘー2は攻撃され撃沈した。Ｘー1のボルトンは負傷し、乗組員は捕らえられてしまった。が、捕らえられた2人が、敵に口を割りそうになっている時Ｘー3が爆薬を発射。リンデンドルフは撃沈した。