毛利探偵事務所に脅迫電話がかかってきた後、毛利小五郎(声：小山力也)の目の前で路上の自動車が爆発した。「青い少年と青いシマウマ、上からの雨…」犯人からの挑戦状＝謎の暗号を解読しなければ、次の爆破は止められない。小五郎と蘭(声：山崎和佳奈)は、米花市内を駆け廻るが、暗号に翻弄され一向に手掛かりは見つからなかった。一方、その時、江戸川コナン(声：高山みなみ)は、灰原や少年探偵団たちとともに大好きなサッカーを楽しんでいた。ライバルのガンバ大阪を相手に大活躍の東京スピリッツ。試合も佳境に入ったその時かかってきた蘭からの電話でコナンは脅迫電話のことを知る。独りその場でコナンは暗号解読に乗り出すが、誰にも止めることが出来ない恐るべき真実を知ることに。今、着々と迫る“その時”……。果たして、事件を解決するのは誰なのか……。