カンザス・シティに住む11歳の少年デイヴィッド（ハンター・カースン）は、明け方、裏庭で奇妙な物音がするのを聞いて目をさました。カンザスの平野をおおうようにして空から巨大な宇宙船が近づくのを目撃したデイヴィッドは、両親を起こして見たことを告げるが、2人は相手にしない。朝になって、様子を見て来た父のジョージ（ティモシー・ボトムズ）は、戻って来て何事もなかったと言うが様子がおかしい。ふと見るとジョージの首の後ろに血の滲んだような傷あとがあった。翌日、学校から帰ったデイヴィッドは、母ヘレン（ラレイン・二ューマン）の首の後にも父と同じ傷あとがあるのに気付いた。どうも2人の様子が違う。やがて町の人達が理由もなしにやって来るが、彼らは皆、あの裏山へと出かけていった。ある日、父から学校に行くのを止められたデイヴィッドは、それを無視してスクール・バスに乗り込んだ。学校では、担任の科学の先生ミセス・マケルッチ（ルイーズ・フレッチャー）の首筋にも、あの奇妙な傷あとを、デイヴィッドは発見した。校医のリンダ（カレン・ブラック）だけは、まだ火星人の手中に落ちていないようだ。必死に事情を説明するデイヴィッド。彼は宇宙船をリンダに見せようと、裏山へ行った。そこには何もなくなっていたが、偶然、父が空軍基地の警備員2人に裏山に行くよう指示しているところを目撃する。木陰に隠れてデイヴィッドとリンダは、2人の警備員が巨大なうず巻きに呑み込まれ地面に吸い込まれてゆくのを見た。再び地上に現われた時、2人はあの傷をつけていた。火星人たちが自分たちの宇宙船を地中に隠して巨大な王国を作り地球人を意のままに繰ろうとしていることに気付いたデイヴィッドは、リンダと共にＮＡＳＡに常駐するウィルソン将軍（ジェイムズ・カレン）を訪ねた。最初は子供の作り話だろうと信じなかったウィルソン将軍も、2人の熱意におされて例の丘へ調査員を向かわせた。戻って来た2人は何もなかったと言うが、彼らの首にも傷が発見された。そこには釘のようなものが打ちつけてあり、中枢機能を操作されていたのだ。その時、ＮＡＳＡを発進しようしていた宇宙船が爆破された。事の重大さを初めて知った将軍は遂に緊急発動ボタンを押した。地底王国へと続く洞窟の入口を爆破、火星人の巨大な宇宙船が姿を現わした。デイヴィッドとリンダもあわや首すじに針のようなものを打ち込まれる危機にみまわれるが、父からもらったコインを利用してレーザー光線で無事リンダと共に脱出。将軍らもかけつけ両親ももとに戻った。そして夢からさめた。と、再び宇宙船が近づくのが見えた。