世界の裏で暗躍する謎の結社“身喰らう蛇”の野望を阻止するため、巨大戦艦グロリアスが着船する研究施設に潜入したヨシュア（声：斎賀みつき）だったが、執行者No.0道化師カンパネルラ（伊藤かな恵）に気づかれ、あと一歩のところでグロリアスは飛び立ってしまう。一方、発生する霧の調査のため、仲間と故郷ロレントに戻っていたエステル（神田朱未）は、執行者No.VI幻惑の鈴ルシオラ（西川宏美）の幻術によって、幼いころの夢を見ていた。両親に囲まれた幸せな生活のなか、何かが足りない違和感に襲われたエステルは、それがヨシュアへの想いだと気づき幻術を打ち破る。しかし、ルシオラを捕り逃がしてしまう。手がかりを失ってしまった矢先、ヨシュアから手紙を受けたエステルは、指定された翡翠の塔に向かう。しかしそこで待ち受けていたのは、執行者No.XV殲滅天使レン（西原久美子）だった。パテル＝マテルの不意を突いた攻撃で気を失い、意識を取り戻した場所は、空中を飛行する巨大戦艦グロリアスだった……。