関東のとある港町。孤独な生活を送っていた高校生・丹童子アルマ（声：寺島拓篤）の前に、“藍羽財団”CEOを名乗る少女・藍羽ルリ（中島愛）が、執事とメイドを引き連れて現れる。アルマにセイクリッドセブンの力が宿っていることを知っていたルリは、力を貸してほしいと申し出る。しかし、アルマはその力で人を傷つけたことがあり、ルリたちを追い返す。穏やかな町に、強力な力を持つ石の魔物“悪石（アシ）”が現れる。悪石に立ち向かうことができるのはアルマの持つセイクリッドセブンの力だけだったが、アルマは自分の力を暴走させてしまい、事態を悪化させてしまう。ルリは宝石を練成し、アルマの本当の能力を解放させる。アルマは、真の姿“セイクリッドアルマ・リベレイター”を発現させる。アルマとルリはお互いの意思を交わし、次々と巻き起こる事件に立ち向かいながら、巨大な陰謀に巻き込まれていく。そんななか、2人の前に、もう1人のセイクリッドテイカー・輝島ナイト（岡本信彦）が現れる。