クラーク・ケント(クリストファー・リーヴ)は、故郷スモールビルの両親の持っていた農場を売り、納屋の地下に隠しておいたグリーン・クリスタルの最後の1本を持ち、メトロポリスに戻った。デイリー・プラネット社は、三流新聞王デイヴィッド(サム・ワナ・メーカー)に乗っ取られ、彼の娘レイシィ(マリエル・ヘミングウェイ)が新編集長に納まり、とにかく売れる内容で商売しようとしている。残されたクラークやロイス(マーゴット・キダー)、ジミー(マーク・マクルーア)らは、高水準の内容を保とうとするが、無駄骨に終わりそうだ。一方、スーパーマンを憎むレックス(ジーン・ハックマン)は、甥レニー(ジョン・クレイヤー)の手引きで刑務所を脱走。博物館より、展示されているスーパーマンの髪の毛を盗み、スーパーマンより強靭な怪人創造の計画を実行に移していた。その頃、米ソは核軍縮会議の決裂を発表。1人の少年が、核兵器から守ってほしいと、新聞社気付でスーパーマンに求め、それに応え、スーパーマンは国連で少年と共に核廃絶をうったえた。そして地球上の核を集め、太陽に棄てる計画を実行するスーパーマン。一方、レックスは、この太陽エネルギーに生命体をぶちこみ、ニュークリア・マン(マーク・ピロー)を誕生させる。核のなくなった地球は、レックスが支配するには、好都合だ。かくて、スーパーマンの数10倍も強いニュークリア・マンとスーパーマンの死闘が開始された。地球と宇宙の平和のため、危機につぐ危機をむかえるスーパーマンだったが、ほどなく地上に平和は戻るのだった。