ジェイソンが超能力少女に倒されて数年。クリスタル・レイク高校の生徒たちが、大型客船ラザルス号でニューヨーク旅行へ向かう。船の中には、電気エネルギーで甦ったジェイソン（ケイン・ホッダー）も乗り込んでいた。逃げ場のない船中で学生たちが、次々にジェイソンにより殺されていく。ジェイソンのために船は炎上し、生徒を引率するマクロー先生（ピーター・マーク・リッチマン）、その姪レニー（ジャンセン・ダジェット）、ショーン（スコット・リーヴス）ら5人はボートで脱出しニューヨークのマンハッタンヘ。レニーはストリート・ギャングに襲われるがあやういところでジェイソンが彼らを始末してしまう。次々と殺りくは続き、最後にはレニーとショーンの2人きりになってしまう。最後の力を振り絞った2人は、ジェイソンを地下水道までおびき出し、産業廃液の中に沈めることに成功する。