かつて人類が栄華を極めた星、地球。だが、その星からは人々が姿を消してしまった。突如出現した怪獣たちの雄叫びが、無人と化した都市に虚しく響く。だが、そんな地球にもわずかに残された者たちがいた。それは、未来への最後の希望となる子どもたちと、子どもたちの未来のために戦いへと身を投じた7人の女性“チームU”のメンバー。リーダーのアンナ（秋元才加）、医療担当でアンナの妹リーサ（佐藤すみれ）、戦闘班副リーダーのミサト（梅田彩佳）とサワ（宮澤佐江）、メンテナンス担当のノンコ（増田有華）と助手のマオミ（小林香菜）、通信担当のヒナ（島田晴香）だった。彼女たちが、子ども守って必死に戦っているところへ、ウルトラマンダイナ＝アスカ・シン（つるの剛士）が時空を超えて現れる。それが、彼女たちが初めて出会ったウルトラマンの姿だった。そして、ウルトラマンダイナの後を追うかのように、ウルトラマンコスモス＝春野ムサシ（杉浦太陽）とウルトラマンゼロも、自分たちの宇宙から時空を超えて、この地球に駆けつける。ウルトラマンゼロは、他の時空から紛れ込んでしまったタイガ・ノゾム（DAIGO）が、瀕死の重傷を負いながらも、危機に陥った子どもを守った勇気ある行動に共感して、彼と一心同体になる。しかし、ウルトラマンの力を手にしたことを素直に受け入れられないタイガ。そんな中、チームUのメンバーと合流したタイガとムサシの前に、地球を支配する邪悪な侵略者、触角宇宙人バット星人が姿を現す。ついにその魔の手が、残された子どもたちに迫る……！