ヨーロッパで連続爆破事件発生。天才的な頭脳を持つ名探偵ホームズは、皇太子が殺害されたと推理。ホームズの前に立ちはだかるのは、モリアーティ教授（ジャレッド・ハリス）。この事件は首謀者モリアーティ教授によって画策された、より大きな犯罪のパズルの一つにすぎなかったのだ。事件の捜査を進めるホームズは、鍵を握るジプシーの占い師シム（ノオミ・ラパス）に出会う。ホームズ、ワトソン、シムの3人はイギリス、フランス、ドイツ、そしてスイスへと次々に大陸を横断して捜査を進めるが、次第に危険度を増してゆく。しかも、常にホームズたちの一歩先を行くモリアーティ。彼の策略が成功してしまえば、歴史の流れを変えてしまうほどの死と破壊の渦巻く世界になってしまうのだ。果たしてホームズたちは、いかにしてモリアーティ教授の陰謀に立ち向かうのか……？