“タイムトリモチ”で、500年前に絶滅した巨大な鳥モアを捕まえてしまったのび太（声：大原めぐみ）とドラえもん（声：水田わさび）。2人は、絶滅動物を保護しているベレーガモンド島へ、モアを連れていくことにする。そこは“ゴールデンヘラクレス”と呼ばれる黄金のカブトムシの力に守られた不思議な島だった。ロッコロ族の少女コロン（声：水樹奈々）やドードー鳥のクラージョ、のび太にそっくりな少年ダッケ（声：野沢雅子）と出会い、見たこともない動物たちと楽しく過ごすドラえもんたち。ところがそこへ、“ゴールデンヘラクレス”の力を狙う悪の商人シャーマン（声：山寺宏一）が現れる。襲撃を開始したシャーマンから島を守るために、ドラえもんたちが立ち上がった！