祖国イギリスの危機を救ったのも今や昔、一時は諜報機関M17のエースとなった敏腕スパイ、ジョニー・イングリッシュ(ローワン・アトキンソン)もモザンビークでの任務でヘマをしたことから自信を喪失、今やチベットの僧院に引きこもり状態だ。そんな折、イングリッシュはM17から新たなミッションの要請を受けるが、彼の不在の8年の間に、M17はすっかり様変わりしていた。イングリッシュ憧れのエース級諜報員アンブローズ(ドミニク・ウェスト)が健在であったことがせめてもの慰め。新しく上司となった女性、通称ペガサスは英中首脳会談に出席予定の中国首相に暗殺の動きがあるという。イングリッシュに命じられたのは、その情報収集と暗殺の阻止。新人スパイのタッカーを助手に迎え、イングリッシュは情報提供者フィッシャーに接触すべく香港へ飛ぶ。フィッシャーによると、暗殺計画の背後には“ボルテックス”と呼ばれる3人組が暗躍しており、彼はそのひとりだったとのこと。そしてボルテックスは、その3人が所有する鍵を合わせることで作動する秘密兵器を所有しているという。掃除婦を装った老婆の暗殺者に命を狙われながらも、何とか鍵のひとつを手に入れたイングリッシュだったが、それはあっけなく敵に奪われる。M17の心理学者ケイト(ロザムンド・パイク)から催眠療法を受け、イングリッシュは二人目のボルテックスを特定。その男カーレンコから、今度は首尾よく鍵のひとつを手に入れる。だがカーレンコは、またしても現れた老婆に襲撃され、いまわの際に“3人目のボルテックスはM17にいる”という言葉を残す。ところが、ロンドンに戻ったイングリッシュにボルテックス疑惑が向けられ、イングリッシュは濡れ衣を晴らそうと必死に駆け回る。スイス山中に舞台を移した首脳会談は刻一刻と近づいており、暗殺者はその時を狙っている。はたしてイングリッシュは真犯人を捕まえ、陰謀を阻止することができるのか……。