建築家アレックス・ハースト（ガイ・ピアース）はロードアイランド州プロヴィデンスの郊外で、家主の失踪によって100年近く放置されていた屋敷ブラックウッド邸に、助手で恋人でもあるインテリア・デザイナーのキム（ケイティ・ホームズ）と住み込み、修復に携わっている。彼には、ロスで暮らす別れた妻と小学生低学年の娘サリー（ベイリー・マディソン）がいた。アレックスとキムは、両親の離婚で心を閉ざしたサリーを屋敷に呼び、一緒に暮らし始める。屋敷に来たサリーは、通風孔の奥から何者かが話しかけてくるのを感じる。翌日、サリーは地下室を見つけ、アレックスに伝える。祖父の時代から屋敷を管理してきた使用人ハリスの制止を振り切り、アレックスは封印されていた地下室に入っていく。そこは、著名な動物画家だった家主ブラックウッドのアトリエだった。サリーは地下室で、厳重に封印された小さな扉を見つける。夜な夜な話しかけてくる声がそこから聞こえるのに気づいたサリーは、大人の目を盗んでその扉を開ける。その夜、扉の奥から這い出した小さな魔物たちは悪戯を始める。魔物たちは、子供をさらいその歯を食べる“トゥースフェアリー”という邪悪な妖精だった。ハリスは地下室の小さな扉が開いているのに気づき閉めようとするが、魔物たちに襲われ瀕死の重傷を負う。サリーは魔物たちの仕業だと2人に告げるが、彼らは信じなかった。しかし、ハリスの見舞いに行ったキムは、サリーを屋敷から逃がすよう言われ、公立図書館で屋敷に関する公式記録を見るよう助言される。記録には、約100年前トゥースフェアリーが原因でブラックウッドと8歳の息子が行方不明になったことが記されていた。キムはただちに屋敷から逃げるべきだと主張するが、その夜には屋敷修復のスポンサーを集めたパーティーが予定されていた。しかしパーティーの最中、サリーが魔物たちに襲われる。アレックスも脱出を決意するが、群れをなした魔物たちは彼らに襲いかかる。