21世紀初頭、突如発生した大隆起現象により、外界と隔絶されたロストグラウンドという地域が生まれた。日本という国家にありながら、都市部と未開発地区に分断された特殊な二層社会を形成するロストグラウンドの住人のなかから、物質を分解し、別物“アルター”として再構成する特殊能力を持つ、“アルター使い”と呼ばれる者が出現する。未開発地区に暮らすアルター使いの少年・カズマ（声：保志総一朗）は、対アルター能力者特殊部隊ホーリーの隊員・劉鳳（緑川光）とひょんなことから出会う。カズマは劉鳳と戦い、敗れる。自分の力を信じて突き進むカズマと、自身の信念のもと悪を断罪する劉鳳は、根幹では通じ合うものを持ちながら、決して相容れない。そして2人は互いのアルターをぶつけ合いながら、荒廃した大地で壮絶な戦いを繰り広げ続けるのだった。