円堂守（声：竹内順子）をキャプテンとしたイナズマジャパンの世界制覇から10年。全国のサッカーは、“フィフスセクター”というサッカー管理組織によって、勝敗までも管理される世界にすっかり様変わりしていた。サッカーに対して情熱を燃やす少年、松風天馬（声：寺崎裕香）は、雷門サッカー部の新入部員でありながら、仲間とともに本当のサッカーを取り戻すための激闘を繰り広げていた。そして新たに雷門イレブンが参加したのは、フィフスセクターが開催する大会“ホーリーロード”。中学少年サッカー日本一を決めると同時に、裏では次期聖帝を決める大会だが、雷門イレブンはあらかじめ決められた勝敗指示を無視した本気のサッカーで試合を勝ち進む。そんな中、フィフスセクターから雷門イレブンへ、強化合宿への参加命令が下る。天馬たちが連れてこられた場所は、広大な自然が広がる謎の島。そこは、強力なサッカープレイヤー“シード”を生み出すための訓練施設が存在する島“ゴッドエデン”であった。そして彼らの前に現れたのは、“究極”を名乗るシードのチーム。フィフスセクターの目的は、雷門イレブンをシードに仕上げることだというが……。強制的に開始されるシードとの試合。選ばれたサッカープレイヤーだけが高めた気力によって出現させることができる“化身”を駆使しての激闘が始まる。神童拓人（声：斎賀みつき）の“奏者マエストロ”が、剣城京介（声：大原崇）の“剣聖ランスロット”が、そして天馬の“魔神ペガサス”がシードの化身とギリギリの攻防を繰り広げる。フィフスセクター聖帝イシドシュウジの本当の目的は一体……？化身使いたちによる化身同士のバトルが激化する中、雷門イレブンが“本当のサッカー”で勝負に挑む！