遠いどこかの森にある村で幸せに暮らす、小さな青い妖精スマーフたち。ところがある日、魔法使いガーガメル（ハンク・アザリア）に追いかけられ、クラムジー（声：アントン・イェルチン）やスマーフェット（声：ケイティ・ペリー）たちは突然開いた大きな穴からワープして、ニューヨークど真ん中に放り出されてしまう。そこで出会ったのは広告マンのパトリック（ニール・パトリック・ハリス）。宿敵ガーガメルに見つかる前に、村へ帰る方法を見つけ出さなければならないスマーフたち。ところが、スマーフ村のリーダーであるパパが捕まってしまった。果たして、スマーフたちはパパを助け出し、無事に村へ帰ることができるのか？