香具山、畝傍山、耳成山。大和三山のほぼ中心に位置する藤原宮跡では、今も発掘作業が進められていた。ベルトコンベアで運ばれていく土の塊は、古の人々の魂にも重なり合う。鯉のぼりがたなびく奥明日香の集落、栢森＝かやのもりに暮らす木工作家の拓未（こみずとうた）は、数年前にこの地に移り住んできた。多くを語りたがらない彼は、古民家を自分で改築し、村のおばあちゃんに畑作りを習い、ようやく自分の居場所を見つけ出す。こうして生活を始めた頃、かつて同級生だった加夜子（大島葉子）に再会する。染色家の加夜子は、紅花の真紅の液体に布をくぐらせた滴る血のような朱花色に魅せられており、その色は内に秘められた彼女の狂気にも似ていた。恋人で地元PR紙の編集者、哲也（明川哲也）と長年一緒に暮らしていた加夜子だったが、再会した拓未といつしか愛し合うようになる。ツバメが巣作りを始めた工房に流れる穏やかな時間。それはあたかも、戦前、互いに想いを寄せ合っていたにもかかわらず、添い遂げることのできなかった加夜子の祖母・妙子（大島葉子）と拓未の祖父・久雄（小水たいが）に代わり、その想いを遂げようとするかのようだった。幸せな時を過ごす2人だったが、加夜子が身籠ったことをきっかけに、平穏な日常に変化が訪れる……。その小さな命の存在に戸惑いながらも、生まれ来る命を待つ決心をする拓未。一方、哲也は加夜子から拓未に対する気持ちを打ち明けられても、変わらぬ愛で彼女に向き合おうとする。そして大好きな藤原宮跡に出かけた拓未は、突然、考古学者（麿赤兒）に声をかけられ、発掘現場を案内される。奇妙な偶然……。その気配は、戦時中の祖父と考古学者＝よっちゃんの少年時代（田中茜乃介）へと交錯してゆく。