9.11アメリカ同時多発テロ発生の翌2002年。ニューヨークのスタテンアイランドに暮らす警察官のジョナサン・ホワイト（チャニング・テイタム）は妻ケリー（ケイティ・ホームズ）と病気を抱えた幼い娘とともに暮らしていた。勤務先は車で2時間もかかるクィーンズ警察署。治安の悪いクィーンズ地区では、マサーズ警部（レイ・リオッタ）が治安回復に躍起になっていた。特にクィーンズ・ボロ公営住宅は黒人の失業者が多く、犯罪が絶えない。1986年、祖母とクィーンズ・ボロ公営住宅に住んでいた13歳のジョナサンは、白人ゆえの色の白さから“ミルク”と呼ばれ、黒人たちから目を付けられていた。そんな彼の味方は、同じ棟に住む黒人の少年ヴィニーと妹のヴィッキーだった。ある日、麻薬常習者を射殺してしまうジョナサン。だが、ヴィニーの入れ知恵によって死体は放置。警察も本気で捜査を行なわなかった。さらに、愛犬を殺されたことで、犯人の黒人を階段から突き落として殺してしまう。2件の殺人により、スタンフォード刑事（アル・パチーノ）から尋問を受けるジョナサン。だが、罪に問われることなく事件は隠蔽される。スタンフォードは殉職したジョナサンの父とかつてコンビを組んでいた仲だったのだ。そのまま何事もなく成長し、ジョナサンは警官になる。だがある日、事件を匂わせる脅迫状がジョナサンのもとへ。差出人は不明。さらに、地元新聞に2つの事件隠蔽を告発する手紙が届き、記事として掲載される。2つの事件の真相を知るのはヴィニー（トレイシー・モーガン）だけ。ジョナサンはヴィニーに脅迫をやめるよう頼むが、その甲斐なく、新聞社には事件を隠蔽した警官の名前を記した手紙が届く。マサーズ警部の命令により、ジョナサンは女性記者ブリッジス（ジュリエット・ビノシュ）に記事の掲載中止を頼むが、ブリッジスは応じない。切羽詰まったジョナサンはヴィニー殺害を計画するが……。