特殊能力を持ちながらも自らの運命に気づかず、何者かに命を狙われ続ける9人の若者たち。世界中に散らばり、幼いときからそれぞれの守護者とともに正体を隠して生きてきた。ある夜、ナンバー1と2に続いて、ナンバー3の死を知ったナンバー4（アレックス・ペティファー）は身の危険を察知して、守護者ヘンリー（ティモシー・オリファント）とともに次なる土地を目指す。オハイオ州の田舎町パラダイスの町外れに辿り着いた2人は、作家ヘンリー・スミスとその息子ジョンとして暮らし始める。だが、外出を禁じるヘンリーに逆らい、ハイスクールへの通学を始めるジョン。彼が求めていたのは普通の若者らしい日常だった。しぶしぶ通学を許可するヘンリー。ジョンはハイスクールでサラ（ダイアナ・アグロン）と出会い、彼女に強く惹かれる。だがその頃、ジョンの身体に異変が。授業中、激痛とともに両手に光が現れたのだ。必死に隠したものの、気を失ってしまうジョン。それは“レガシー”と呼ぶパワーの覚醒だった。ヘンリーはジョン自身がコントロールできるようになるまでそのパワーの使用を禁じる。だがカーニバルの夜、サラの元恋人のマークたちによって彼女の身に危険が迫ったとき、パワーが再び溢れ出す。怒りに身を任せてしまったことを後悔するジョン。さらに、友人でUFOオタクのサムにもそのパワーを目撃されてしまう。数年前に謎の失踪を遂げた宇宙研究家の父を持つサムは、失踪の原因とジョンの正体の関係を疑う。ジョンがパワーを使用したと知り、一刻も早く町を出るよう促すヘンリー。だが彼には、運命に立ち向かう決意が生まれていた。さらに、仲間を求め続けてジョンの足跡を探し出した者がいた。幼いときに守護者を殺され、1人で生き抜いてきた女戦士ナンバー6（テリーサ・パーマー）だった。やがて、謎の敵との壮絶な戦いの火ぶたが切って落とされる……。