天装戦隊ゴセイジャーたち34のスーパー戦隊が一丸となり、地球の平和と人々の未来を守るために宇宙帝国ザンギャックを撃退した“レジェンド作戦”から数年が過ぎた。地球では、スーパー戦隊の戦士たちに多段変身して再び襲来したザンギャックを相手に、宇宙最大のお宝を探して地球にやってきた海賊戦隊ゴーカイジャーのマーべラス（小澤亮太）、ジョー（山田裕貴）、ルカ（市道真央）、ハカセ（清水一希）、アイム（小池唯）が戦っていた。そこに力を失ったゴセイジャーのアラタ（千葉雄大）、エリ（さとう里香）、アグリ（浜尾京介）、モネ（にわみきほ）、ハイド（小野健斗）が現われた。ゴセイジャーは地球を護るため、ゴーカイジャーからレンジャーキーを奪い、変身する。一方ザンギャック艦隊に、謎の闇が迫っていた。その闇の正体は、地獄から復活を遂げた黒十字軍の首領・黒十字王だった。お互いの目的のために結託したザンギャックと黒十字王は、旗艦ギガントホースでゴーカイガレオンに奇襲をかけ、次々と悪の幹部たちを復活させる。さらに黒十字王は、空前絶後のスーパー戦隊同士の大乱戦を引き起こす作戦を企てていた。このまま地球を征服しようとする悪の連合軍に、ゴーカイジャーとゴセイジャーが立ち向かう。