「おまえの傲岸不遜な4年間の都政に対し天誅を下す！」12月のある日、再選を果たした朝倉東都知事宛に謎の脅迫状が届いた。その翌日、開通したばかりの都営新地下鉄トンネルが爆破される。だが、脅迫状のことを小五郎(声：小山力也)から聞いていたコナン(高山みなみ)のおかげで、ケガ人一人出すことなく大惨事は未然に防がれた。朝倉知事に怨みを持つ者の計画的犯行なのか。朝倉氏が国土交通大臣の時に建設したダムの関係者を捜査するため、コナンたちはダムが建設された新潟県に向かう。移設5周年の記念式典を迎える北ノ沢村は、大勢の人が集まり賑わいを見せていたが、コナンが調査を始めたその矢先、雪原で死因不明の遺体を発見。地下鉄爆破事件と何か関係があるのか。村人たちのトラウマになったまま癒えることのない8年前の事件とは。「悲劇」が絡み合い、今、大惨事となって人々を襲う……。