お弁当泥棒が得意で発明大好きのヨギ（声：ダン・エイクロイド）と優しい相棒のブーブー（声：ジャスティン・ティンバーレイク）は、ジェリーストーン国立自然公園に住む食いしん坊でイタズラ者の2匹のクマ。トラブルメーカーのヨギは、ブーブーと共に、公園を訪れる人々のランチを頂戴しようと、日夜研究を続けている。ヨギの武器はその素早い機転と逃げ足の速さ。彼にランチを奪われたと人々が気づいた時には、時すでに遅し。怒る人々をしり目に、ヨギは長年の宿敵であるパークレンジャー＝森林監視員のスミス隊長（トム・キャバナー）の追跡もかわしていく。そんなある日、2匹はこれまでにない最悪の事態に直面する。腹黒いブラウン市長（アンドリュー・デイリー）が、自分の公的資金の不正運用を隠して選挙運動資金を手に入れるため、公園を伐採業者に売却しようとしていたのだ。ジェリーストーン国立自然公園最大の危機。ジェリーストーンは市民にとって、自然の美しさを体験できる大切な場所。それだけでなく、売却されればヨギやブーブーを始めとする森の動物たちは、住処を追い出されてしまう。何としても公園を守らなければならない。持ち前の機転と発明に加え、ヨギとブーブーはスミス隊長とも手を組み、公園の危機を阻止すべく、奇想天外な作戦を実行するが……。