“ユニコーンガンダム”で出撃するバナージ・リンクス（声：内山昂輝）。ネオ・ジオン残党軍“袖付き”の“赤い彗星”フル・フロンタル（声：池田秀一）の攻撃から、宇宙巡洋艦ネェル・アーガマを、そして人質となったミネバ（声：藤村歩）を守るためだった。だが、フル・フロンタルが搭乗するモビルスーツ“シナンジュ”との交戦で拿捕され、“袖付き”の拠点、資源衛星パラオに身柄を拘束されてしまう。地球連邦軍の特殊部隊エコーズを率いるダグザ中佐（声：東地宏樹）は、バナージとユニコーンガンダムを奪還すべく、ネェル・アーガマと連携してパラオ攻略戦を敢行する。その混乱に乗じてユニコーンガンダムでパラオから脱出するバナージ。だがその前に、フル・フロンタルの命令を受けて出撃してきたモビルスーツ“クシャトリヤ”のマリーダ・クルス（声：甲斐田裕子）が立ち塞がる。ユニコーンガンダムに隠された、連邦政府を転覆させると言われる秘密“ラプラスの箱”への道標を探るために……。