北条響（声：小清水亜美）と南野奏（折笠富美子）は、幼馴染みの中学2年生。2人は巨大ショッピングモールのオープンにやって来たが、いっしょのはずの妖精ハミィがいなくなってしまう。おしゃれなショップがたくさんあって大賑わいのなか、2人はなんとかハミィを発見する。しかし勢い余って、つぼみ（水樹奈々）たちのファッションショーに乱入してしまう。そのとき、シプレやコフレの仲間のような妖精たちが、空からたくさん降ってくる。さらに、おもちゃの国のプラスティックの建物や、デザート王国の巨大スイーツが次々と出現する。そんななか、かつてプリキュアたちが戦ってきた強敵たちがよみがえる。彼らは、世界を結ぶ奇跡の花“プリズムフラワー”を狙い、すべてを暗黒の世界にしようと結託する。プリズムフラワーが枯れてしまうと、世界は離れ離れになり、2度とハミィたちと会えなくなってしまうのだ。21人のプリキュアたちは全員のパワーをひとつにして、巨大な闇に立ち向かっていく。