兄ピーターと姉スーザンがアメリカ滞在中、エドマンド(スキャンダー・ケインズ)とルーシー(ジョジー・ヘンリー)のペベンシー兄妹は、意地悪ないとこのユースチス(ウィル・ポールター)の家に預けられていた。そんなある日、3人は家の壁にかけてあった船の絵画を見ているうちに、その絵の中に吸い込まれ、ナルニアの海へと導かれる。気が付くと彼らは、懐かしいカスピアン王子(ベン・バーンズ)やもの言うネズミの騎士、リーピチープたちと共に帆船に乗っていた。そして、船は神秘の島々をめぐる旅へと漕ぎ出す。光を奪われたナルニアを救うためには、散り散りになった魔法の剣を集め、アスランのテーブルに並べなくてはならない。だが脅威の源は、心の奥底に抱える恐怖や不安を現実にする邪悪な霧だった。その魔力によって、エドマンドたちは訪れた島々で数々の危機に遭遇、さらには欲に駆られたユースチスがドラゴンに姿を変えられてしまう。ナルニアを守るため、そして友人でありナルニアの保護者でもあるアスランとの再会を果たすため、彼らは海の果てを目指すのだった……。