街に突然、かつてシンケンジャーと戦っていたアヤカシのマダコダマが現れる。ゴセイジャーのリーダー、アラタ（千葉雄大）はゴセイレッドに変身して立ち向かうが、マダコダマは天装術が通用しない強敵だった。そこへ駆けつけたのはシンケンレッド＝志葉丈瑠（松坂桃李）。一気に形勢逆転かと思われたが、命の源である三途の川の水が切れ、マダコダマは退却。しかし、シンケンジャーが倒したはずの外道衆が、なぜ蘇ったのか？丈瑠は日下部彦馬（伊吹吾郎）に、再び家臣たちを呼び戻すよう命じた。そしてアラタはゴセイジャーとしてシンケンジャーに協力したいと申し出る。彦馬は、外道衆が復活したのは、外道衆の総大将、血祭ドウコクが何らかの理由で息を吹き返したからではないかと考えていた。やがて一人、また一人と、最後の戦い以来、バラバラになっていた家臣たちが丈瑠と彦馬の元へと帰ってくる。だが、再会を喜ぶ間もなく、再びマダコダマが出現。人々を襲い始める。迎え撃つのはゴセイジャー&シンケンジャー。2大スーパー戦隊の活躍が始まるが、意外な敵の乱入によって苦戦を強いられ、シンケンレッドは敵に捕らわれてしまう。これをきっかけに、2大戦隊のメンバーは激しく対立。だが、アラタは両チームが力を合わせて戦うことを諦めなかった。しかしその頃、丈瑠の身に恐ろしいことが起ころうとしていた。果たして丈瑠の運命は？巧妙に仕組まれた敵の計画の全貌が今、明らかになろうとしていた……。