かつては邪悪なドラゴンと戦い、美しいフィオナ姫（声：キャメロン・ディアス）を助け出し、彼女の王国を救った緑の怪物シュレック（マイク・マイヤーズ）は、今はすっかり家庭的なマイホームパパになっていた。昔は怖がらせていた村人にも、せがまれるままサインをしてあげる始末。シュレックも、とどろくようなうなり声をあげて怪物として活躍していたころの自分を懐かしんでいた。そんなシュレックが、商売人ランプルスティルスキン（ウォルト・ドーン）に騙され、ある契約書にサインをしてしまう。するとシュレックは、今までとまったく別の次元の“遠い遠い国”へ飛ばされてしまう。そこでは、シュレックのような怪物は追われる身で、ランプルスティルスキンは王として君臨していた。そして、シュレックとフィオナは、出会っていないことになっていた。シュレックは友達を救い、今までの世界を取り戻し、“たった一つの真実の愛”を取り戻すため、再び立ち上がる。