遥かな未来、太平洋上の奇械島では本能的に戦いを求めるいくつもの勢力がロボットを駆使して死闘を繰り広げていた。無法地帯と化したその島で、特に圧倒的な力で次々と敵を血祭りに上げていく漆黒のロボット、それがマジンカイザーだった。この島で戦いを繰り広げているのはキバ軍、ガラン軍、アイラ軍、そしてマジンカイザーを操る海動剣（声：浅沼晋太郎）と真上遼（声：日野聡）の所属するスカルフォース。キバ軍の砦の遠隔制御装置を停止させてアイラ軍の拠点、八稜郭に向かったスカルフォースの由木（声：早見沙織）はガラン軍の総攻撃に遭遇する。その頃、海動と真上は、一足先にガラン城に殴りこみをかけていた。八稜郭の戦いにマジンカイザーの救援は期待できないと知り、由木はある決意をする。一方、海動たちはガランとのロボット戦に移行。しかし操縦を買って出た真上が、戦いの中で不可解な狂乱に陥り、マジンカイザーは絶体絶命の危機に立たされる。