突如、謎の敵から攻撃を受けたウルトラマンたちの故郷、M78星雲“光の国”。若き戦士ウルトラマンゼロは、慢心から思わぬピンチに陥ってしまう。父親であるウルトラセブンとウルトラ戦士たちの活躍で辛くも窮地を逃れたものの、自分の油断を戒める為、敵の実態を探る任務に単身志願。未知の宇宙空間に1人旅立つ。万能アイテム“ウルトラゼロブレスレット”を授けて息子を送り出すウルトラセブン。苦難の旅路の果て、やがて辿り着いた惑星アヌー。そこでゼロは、巨大なロボット兵団に蹂躙される人々を救うため瀕死の重傷を負った青年ラン（小柳友）、その弟ナオ（濱田龍臣）と出会う。その勇気に共感したウルトラマンゼロは、ランと一体化。人間体としてのランの姿を借りることでその命を救う。やがて、惑星エスメラルダの女王エメラナ姫（土屋太鳳）と出会い、知らされる敵の正体。謎の敵軍団の黒幕は“銀河皇帝カイザーベリアル”。ウルトラ戦士たちによって倒された邪悪なウルトラマンベリアルが復活、強大な銀河帝国を築いて宇宙制覇へ乗り出していたのだ。ランと一心同体となったゼロは、カイザーベリアルの野望を砕くため、ナオ、エメラナ姫とともに、宇宙船ジャンバードで大宇宙へと飛び立つ。ベリアル銀河帝国との戦いに挑むウルトラマンゼロと仲間たちを待ち受けるものとは……？