高校卒業を目前にしたベラ（クリステン・スチュワート）は、愛するエドワード（ロバート・パティンソン）を追ってイタリアまで行ったことを父親に咎められ、門限付きの生活を強いられていた。さらに彼女を悩ませるのは卒業後の人生。ベラは、エドワードの手によって一刻も早くヴァンパイアの仲間入りをしたいと願っていたが、エドワードは自分との結婚が先だと主張。エドワードの心の中には、彼女の早急な決断を思い留まらせ、人間としての人生を謳歌してほしいという配慮もあった。その頃、シアトルで死者や行方不明者が続出する事件が発生。その裏には、ライリー（ハヴィエル・サミュエル）率いる“ニューボーン”と呼ばれるヴァンパイア集団の存在があった。“ニューボーン”とは、人間から転身したばかりのヴァンパイア。血に飢えた本能のままに行動するため、人間にとって最も危険な存在だった。一方、フォークスの森にはエドワードを憎むヴァンパイア・ヴィクトリア（ブライス・ダラス・ハワード）が出現。執拗にベラの命を狙う。カレン家のエメット（ケラン・ラッツ）がヴィクトリアを追跡するが、勢い余ってヴァンパイアとオオカミ族の間の境界線を破ってしまう。両種族の間に緊張が走る。身の危険を感じたベラは、幼なじみのジェイコブ（テイラー・ロートナー）が暮らすオオカミ族の土地へ避難。だが、ベラへの想いを秘めるジェイコブは、ヴァンパイアになろうとする彼女の気持ちを知ると、怒りに任せてキスをしてしまう。そして卒業式当日。カレン家で行われたパーティの席で、アリス（アシュリー・グリーン）はベラを狙うニューボーンの集団が現れることを予知。ベラを守るという共通目的から、ヴァンパイアとオオカミ族は協力体制を取ることになる。数世紀もの長きに渡って敵対関係にあった両種族が手を組み、壮絶な戦いが始まろうとしていた……。